臭豆腐按照工艺可以分为发酵和非发酵两种。市场上卖的青方腐乳便属于发酵臭豆腐，是在豆腐的基础上发酵而来，而街头上卖的油炸臭豆腐则属于非发酵臭豆腐。前者的臭味来源于微生物（常采用霉菌或乳酸菌）发酵蛋白质，产生的硫化物（例如二甲基二硫、二甲基三硫、二甲基四硫）、吲哚和部分具有臭味的氨基酸（例如丙氨酸）。非发酵臭豆腐的臭味来源于臭卤水。
发酵臭豆腐，因经发酵过程，部分蛋白质被分解成更有利于消化吸收肽、氨基酸；另外发酵过程还会生成维生素B12。维生素B12多存在于动物性食品，在植物性食品中含量甚微，因此素食者常常缺乏，但是发酵豆制品，包括臭豆腐中维生素B12含量较丰富，是素食者补充维生素B12的食物来源之一。
臭豆腐闻起来臭，吃起来香,有些人对它敬而远之,有些人则将吃它当成了一种嗜好.其实,臭豆腐属于发酵豆制品,制作过程中不仅会产生一定的腐败物质,还容易受到细菌污染,从健康角度考虑,还是少吃为好.
臭豆腐发酵前期是用毛霉菌种,发酵后期易受其它细菌污染,其中还有致病菌.因此,臭豆腐一次不要吃得太多,以免引起胃肠道疾病。
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